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보유기간 계산의 원칙
원칙적으로 주택의 보유기간은 취득일부터 양도일까지의 기간을 의미한다.
취득일은 잔금청산일을 의미하며, 잔금을 청산하기 전에 소유권 이전등기를 한 경우나 잔금을 청산한 날이 분명하지 않은 경우에는 등기접수일을 취득일로 본다. 따라서, 보유기간은 거주자가 소유한 기간을 의미하므로, 가등기한 기간은 보유기간으로 볼 수 없다.

취득일의 예외
보유기간의 계산은 양도 당시 주택소유자의 취득일부터 계산하는 것이 원칙이지만 다음의 경우에는 그 이전 소유자의 취득일부터 보유기간을 계산한다.
① 배우자 또는 특수관계자로부터 증여받은 주택을 증여일로부터 5년이내에 양도하는 경우에는 증여자의 당초 취득일부터 보유기간을 계산한다.
② 이혼시 재산분할로 주택의 소유권이 이전되는 경우에는 양도나 증여로 보지 않기 때문에 전 소유자의 취득일부터 보유기간을 계산한다. 반면, 이혼위자료로 주택의 소유권이 이전된 경우에는 위자료로 주택을 취득한 날(소유권이전등기일을 말함)부터 보유기간을 계산한다.

세대 단위의 보유기간 계산
보유기간의 계산은 세대 단위로 계산한다. 따라서, 동일세대원간에 주택의 소유권이 이전된 경우에는 전 소유자와 현 소유자의 기간을 통산한다. 부부는 항상 동일세대원이므로 보유기간을 통산하지만 다른 가족은 동일세대원에 한하여 보유기간을 통산하여야 한다.
① 상속받은 주택의 보유기간은 상속개시일(피상속인의 사망일)부터 양도일까지로 한다. 단, 동일세대원이던 피상속인으로부터 상속받은 주택의 경우에는 피상속인의 보유기간과 상속인의 보유기간을 통산한다.
② 동일세대원으로부터 증여받은 주택을 양도하는 경우에는 증여자의 보유기간과 수증자의 보유기간을 통산한다. 그러나, 주택을 증여받은 후 이혼한 경우에는 증여받은 날(증여등기접수일)을 취득일로 보아 보유기간을 계산한다.
③ 채무에 대한 담보로 제공된 주택을 경매 또는 공매로 원소유자가 경락을 받은 경우에는 양도로 보지 않기 때문에 원소유자의 취득일부터 보유기간을 계산하면 된다. 그러나, 원소유자의 동일세대원이 경락을 받은 경우에는 보유기간을 통산하지 아니하고 경락대금을 완납한 날부터 보유기간을 계산한다.

재건축주택 등의 보유기간 통산
주택을 멸실하고 재건축한 경우, 증축한 경우, 용도변경한 경우에도 일정한 요건을 갖춘 경우에는 종전주택과 재건축한 주택의 보유기간을 통산한다.
① 주택을 보유하던 중에 소실ㆍ도괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 건축법에 의하여 재건축한 경우에는 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 보유기간을 통산한다. 단, 공사기간은 보유기간에서 제외한다.
② 보유하던 주택을 “도시 및 주거환경 정비법”에 의하여 재개발ㆍ재건축한 경우에는 종전주택의 보유기간과 재개발ㆍ재건축한 신축주택의 보유기간을 통산하되 공사기간도 보유기간 계산시 포함된다.
③ 종전주택을 증축한 경우에는 증축한 면적은 새로운 주택의 취득으로 보아 증축한 날(사용승인일, 실제사용일 중 빠른 날)부터 보유기간을 계산한다.
④ 주택을 주택외의 용도로 사용하다가 다시 주택으로 용도를 변경한 경우에는 주택으로 사용한 기간은 보유기간을 통산하여 계산한다.

1세대 1주택으로서 비과세대상이 되기 위해서는 주택은 물론 주택의 부수토지도 함께 보유기간 요건을 충족하여야 한다. 주택의 보유기간 요건은 충족하였으나 부수토지의 보유기간 요건을 충족하지 못한 경우에는 주택은 비과세 대상이 되지만 부수토지는 비과세를 받을 수 없다. 반면에 주택은 보유기간 요건을 충족하지 못하였으나 부수토지는 보유기간을 충족한 경우에는 주택 및 부수토지 모두 비과세를 받을 수 없다.

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1세대 1주택 비과세 요건 중 보유기간 3년은?
1) 본등기를 하기 전 가등기한 기간이 있는 경우에는 가등기한 기간은 보유기간으로 보지 않는다.
2) 동일 세대원 간에 소유권변동이 있는 경우에는 세대 전체를 기준으로 3년 이상 보유여부를 판정한다.
3) 주택을 배우자에게 증여한 후 배우자가 양도하는 경우에는 증여자의 보유기간과 수증자의 보유기간을 합하여 계산한다.
4) 이혼위자료로 주택을 받은 아내가 그 주택을 양도하는 경우에는 아내의 보유기간만 가지고 판단한다.
5) 재산분할청구권으로 취득한 주택의 보유기간은 소유권을 이전해 준 다른 이혼자의 당초 부동산 취득일부터 양도일까지의 기간을 합하여 계산한다.
6) 증여받은 1주택을 이혼 후 양도하는 경우에는 증여를 받은 날(증여등기 접수일)부터 보유기간을 계산한다.
7) 주택을 상속받은 경우에는 피상속인의 사망일부터 계산한다.
8) 동일세대원이 경매를 통하여 취득한 후 양도하는 경우에는 경락대금을 완납한 날부터 양도일까지로 한다.
9) 거주 또는 보유 중에 소실ㆍ도괴ㆍ노후 등으로 인해 멸실되어 재건축한 경우(도시및주거환경정비법에 의한 재건축은 제외)에는 멸실된 주택과 재건축한 주택의 보유기간을 통산(재건축 공사기간은 포함하지 아니함)한다. - 주택면적이 증가한 경우 : 보유기간 계산과는 무관하다.
- 부수토지 면적이 증가한 경우 : 종전 주택의 부수토지 면적을 초과하는 부분은 신축일로부터 3년이 경과해야 비과세 받을 수 있다.
10) 보유하던 주택이 「도시및주거환경정비법」에 의한 재개발ㆍ재건축으로 완공된 경우에는 종전주택의 보유기간, 공사기간, 재개발·재건축 후의 보유기간을 통산한다.(재개발·재건축 공사기간을 포함함) 11) 재개발·재건축사업에 참여한 자가 사업기간 중에 다른 주택(대체주택)을 취득하여 거주하다가 재개발·재건축된 주택으로 이사하게 되어 대체주택을 양도하는 경우
- 보유기간의 제한을 받지 아니하나, 아래 요건을 모두 충족하는 경우 양도소득세를 비과세 받을 수 있다.
-· 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하고 1년 이상 거주
- 재개발·재건축주택 완공전 또는 완공후 1년 이내에 대체주택 양도
- 완공후 1년 이내 재개발·재건축주택으로 세대전원이 이사하고 1년 이상 거주 (취학, 근무상 형편, 질병요양 등의 경우는 세대원 일부가 이사하지 않더라도 가능)