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주택 중 어느 하나 양도에 앞서 주민등록 분리해 놔야
부모와 자녀가 각각 주택을 하나씩 가지고 있으면서 농촌과 도시에 따로 살고 있으나 건강보험 등의 문제로 부모의 주민등록을 자녀의 주소로 옮겨 놓은 경우가 종종 있다. 이런 경우 주택을 팔지 않으면 별 문제가 없으나, 부모 또는 자녀의 집 중 어느 하나를 팔게 되면 1세대 2주택자가 주택을 양도한 것으로 되어 양도소득세 과세문제가 발생한다.

다만 세법에선 주민등록상으로 동일 세대원으로 등재돼 있다하더라도 사실상 따로 거주하고 있고 생계를 같이 하지 않으면 동일 세대원으로 보지 않는다. 하지만 이 경우 납세자가 객관적인 증빙자료를 첨부해 생계를 같이 하고 있지 않다는 사실을 입증해야 하는데 양도세의 경우 1세대 1주택 해당여부는 양도일 현재를 기준으로 판단해 양도일로부터 상당한 시일이 지난 시점에선 별도세대였다는 것을 입증하기란 쉬운 일이 아니다.

이처럼 부모님의 주민등록을 자신 앞으로 해놓은 상태에서 주택 양도시 양도세를 비과세 받을 수 있는 가장 좋은 방법은 부모 또는 자녀의 주택 중 어느 하나를 양도에 앞서 주민등록을 분리해 놓는 것이다. 다시 말해 양도세는 양도일 현재를 기준으로 판단하기 때문에 주택 등의 양도 전에 주민등록을 분리해 놓으면 별도세대 입증 등 복잡한 문제없이 1세대 1주택으로 인정받을 수 있기 때문이다.

이 경우 비과세 요건에 부합되는 주택은 1세대 1주택으로 인정돼 양도세 비과세 혜택을 받게 된다. 만약 주택의 양도 전 주민등록을 분리하지 못해 세무서에서 양도소득세를 결정해 고지 받게 될 경우, 공식적인 불복 절차를 거쳐 생계를 같이 하지 않았음을 증명해야 하는 번거로움이 생긴다.

양도소득세법 상 중과세 되는 항목 5가지
- 단기매도에 대한 중과세(1년미만 양도 50%, 2년미만 양도 40%)
- 1세대3주택 이상 중과(60%)
- 1세대2주택 중과(50%)
- 비사업용토지 중과(60%)
- 미등기 부동산 양도 중과(70%)

중과 대상이라 해도 중과세에서 제외되는 주택
우선 단기매도주택에 대한 중과세의 예외는 다음과 같다.(1세대 1주택자로서 다음의 경우에는 비과세되거나 6억 초과분 양도차익에 대해서만 과세된다.)
- 법률에 의해 수용되는 경우
- 해외이주, 취학, 근무상 형편으로 세대전원이 출국하고 출국일로부터 2년 이내 양도하는 경우
- 임차해 거주하다가 취득해 총 거주기간이 5년 이상이며, 건설임대주택을 양도하는 경우
- 취학 또는 근무상 형편, 질병으로 세대전원이 다른 시군으로 주거를 이전하기 위해 양도하는 경우

1세대 3주택 이상자가 다음 주택을 양도할 때는 중과세에서 제외된다.
이때 주택 수 계산시 수도권 및 광역시 외의 기타지역에 소재하는 주택으로서 양도당시 공시가격이 3억원 이하인 주택은 없는 것으로 계산하며, 공동상속주택은 상속지분이 가장 큰 사람소유주택으로, 공동주택은 지분을 가진 사람 모두 각각 1채씩 소유한 것으로 본다는 점에 유의한다.
- 수도권, 광역시 이외 기타지역 소재 주택으로 양도당시 공시가격이 3억원 이하인 경우
- 장기임대주택
- 고가주택이 아닌 조특법98조의 미분양주택 및 99조, 99조3항에 속하는 신축주택
- 상속받은 주택으로 5년 미경과 주택(상속주택이 2이상이면 그 중에서 보유기간이 긴 주택)
- 2003년 이전 취득한 연면적 60제곱미터 이하 공시가격 4천만원 이하 주택(재건축.재개발제외)
- 3주택이상이 위에 속하고, 한 채만 일반주택일 때 그 일반주택

1세대2주택자의 주택 중 중과세 예외조항은 3주택 이상자의 예외조항과 동일하나 그 외에 추가로 다음 경우에도 중과세에서 제외된다.
- 1세대원 중 일부가 다른 시군 소재 직장으로 이전하면서 해당 시군에 기준시가3억원이하 주택을 취득해 2주택이 된 경우 해당 주택에 1년 이상 거주하고, 당해 사유가 해소된 날(재전근)로부터 3년 이내 양도하는 주택
- 직계존속(배우자 직계존속 포함)을 동거봉양하기 위해 또는 혼인을 위해 합가한 뒤 5년 이내 양도하는 주택
- 판결에 의해 취득한 주택으로서 확정판결일로부터 3년 이내 양도하는 주택
- 기준시가 1억원 이하인 주택(재건축 및 재개발 주택 제외)
- 위 주택을 포함하여 2주택인 경우 다른 주택